Rolę organu założycielskiego oraz nadzorczego Centrum Obsługi Administracji Rządowej pełni Szef Kancelarii Prezesa Rady Ministrów.
Na czele Centrum stoi, reprezentujący je oraz odpowiadający za działalność Dyrektor Centrum Obsługi Administracji Rządowej. Powoływany
i odwoływany przez organ założycielski.
Wydziały oraz wyodrębnione samodzielne zespoły funkcjonujące w strukturze Centrum:
- Wydział Obsługi Organizacyjnej i Archiwum
- Wydział Administrowania Siedzibą Kancelarii
- Wydział Inwestycyjno-Remontowy
- Wydział Kadrowo-Płacowy
- Wydział Gastronomiczny
- Wydział Informatyki i Teletechniki
- Zespół Usług Poligraficznych
- Wydział Administrowania
- Wydział Obsługi Transportowej
- Wydział Zamówień Publicznych
- Wydział Finansowo - Księgowy
- Zespół Ewidencji Majątku
- Zespół Planowania i Analiz
- Kompleks Recepcyjno - Wypoczynkowy Łańsk