Rolę organu założycielskiego oraz nadzorczego Centrum Obsługi Administracji Rządowej pełni Szef Kancelarii Prezesa Rady Ministrów.
Na czele Centrum stoi, reprezentujący je oraz odpowiadający za działalność, Dyrektor Centrum Obsługi Administracji Rządowej. Powoływany i odwoływany przez organ założycielski.
Wydziały funkcjonujące w strukturze Centrum:
- Wydział Organizacji, Kancelarii i Archiwum
- Wydział Administrowania Siedzibą Kancelarii
- Wydział Obsługi Personalnej i Komunikacji
- Wydział Gastronomiczny
- Wydział Informatyki i Teletechniki
- Wydział Administrowania
- Wydział Obsługi Transportowej
- Wydział Inwestycji i Przetargów
- Wydział Finansowo - Księgowy
- Ośrodek Wypoczynkowy Łańsk
- Wydział Planowania i Analiz
- Wydział Usług Poligraficznych i Marketingowych