Rolę organu założycielskiego oraz nadzorczego Centrum Obsługi Administracji Rządowej pełni Szef Kancelarii Prezesa Rady Ministrów.
Na czele Centrum stoi, reprezentujący je oraz odpowiadający za działalność, Dyrektor Centrum Obsługi Administracji Rządowej. Powoływany i odwoływany przez organ założycielski.
Wydziały funkcjonujące w strukturze Centrum:
- Biuro Dyrektora
- Wydział Administrowania Siedzibą KPRM
- Wydział Obsługi Personalnej
- Wydział Gastronomiczny
- Wydział Informatyki i Teletechniki
- Wydział Informatyki KPRM
- Wydział Najmu Nieruchomości
- Wydział Obsługi Transportowej
- Wydział Inwestycji i Przetargów
- Wydział Finansowo - Księgowy
- Wydział Usług Poligraficznych
- Wydział Planowania i Analiz
- Wydział Zarządzania Obiektami "R"
- Ośrodek Wypoczynkowy Łańsk